Sejarah awal mulanya adanya Kebumen tidak dapat dipisahkan dengan sejarah Mataram Islam. Hal ini disebabkan adanya beberapa keterkaitan peristiwa yang ada dan dialami Mataram membawa pengaruh bagi terbentuknya Kebumen yang masih didalam lingkup kerajaan Mataram. Di dalam Struktur kekuasaan Mataram lokasi kebumen termasuk di daerah Manca Negara Kulon ( wilayah Kademangan Karanglo ) dan masih dibawah Mataram.

Berdasarkan Perda Kab. Kebumen nomor 1 tahun 1990 tentang Penetapan Hari Jadi Kabupaten kebumen dan beberapa sumber lainnya dapat diketahui latar belakang berdirinya Kabupaten kebumen antara lain ada beberapa versi yaitu :


Versi I

Versi Pertama asal mula lahirnya Kebumen dilacak dari berdirinya Panjer . Menurut sejarahnya menurut sejarahnya, Panjer berasal dari tokoh yang bernama Ki Bagus Bodronolo.Pada waktu Sultan Agung menyerbu ke Batavia ia membantu menjadi prajurit menjadi pengawal pangan dan kemudian diangkat menjadi senopati. Ketika Panjer dijadikan menjadi kabupaten dengan bupatinya Ki Suwarno( dari Mataram ), Ki Bodronolo diangkat menjadi Ki Gede di Panjer Lembah ( Panjer Roma ) dengan gelar Ki Gede Panjer Roma I, Pengangakatan tersebut berkat jasanya menangkal serangan Belanda yang akan mendarat di Pantai Petanahan sedangkan anaknya Ki Kertosuto sebagai patihnya Bupati Suwarno.Demang Panjer Gunung, Adiknya Ki Hastrosuto membantu ayahnya di Panjer Roma, kemudian menyerahkan jabatannya kepada Ki Hastrosuto dan bergelar Ki Panjer Roma II. Tokoh ini sangat berjasa karena memberi tanah kepada Pangeran Bumidirja. yang terletak di utara Kelokan sungai Lukulo dan kemudian dijadikan padepokan yang amat terkenal. Kedatangan Kyai P Bumidirja menyebabkan kekhawatiran dan prasangka, maka dari itu beliau menyingkir ke desa Lundong sedang Ki panjer Roma II bersama Tumenggung Wongsonegoro Panjer gunung menghindar dari kejaran pihak Mataram. Sedangkan Ki Kertowongso dipaksa untuk taat kepada Mataram dan diserahi Penguasa dua Panjer, sebagai Ki Gede Panjer III yang kemudian bergelar Tumenggung Kolopaking I ( karena berjasa memberi kelapa aking pada Sunan Amangkurat I ). dari Veri I dapat disimpulkan bahwa lahirnya Kebumen mulai dari Panjer yaitu tanggal 26 Juni 1677.

Versi II

Sejarah Kabupaten Kebumen dimulai sejak Tumenggung Arung Binang I yang masa mudanya bernama JAKA SANGKRIP yang berdarah Mataram dan dititipkan kepada pamannya Demang Kutawinangun. Setelah dewasa lalu mencari ayahnya ke keraton Mataram dan setelah membuktikan keturunan Raja maka ia diangkat menjadi Mantri Gladag, kemudian sampai Bupati Nayaka dengan Gelar Hanggawangsa. setelah diambil menantu oleh Patih Surakarta kemudian diangkat menjadi Tumenggung Arung Binang I sampai dengan keturunannya yang Ke III sedangkan Arung Binang IV sampai ke VIII secara resmi menjadi Bupati Kebumen.