Kompleks Gua wisata baik gua alam maupun buatan yang terletak sekitar 42 km barat daya Kebumen ini mencakup kawasan seluar 5,5 hektare. Objek wisata ini telah dilengkapi dengan prasarana wisata seperti tempat parkir, peturasan, tempat bermain, kios makanan, buah-buahan dan toko cindera mata.
Kompleks Gua Jatijajar mencakup Gua Jatijajar, Gua Dempok, dan Gua Intan. Kawasan ini berada sekitar 250 m di atas permukaan laut. Sistem pergunaan berkembang pada kehadiran fosil-fosil seperti Lepidocylina sumatrensis Brady, L. elegans Tan dan Cycloclypeus annulatus Martin selain menunjukkan umur batuan juga sekaligus menciri lingkungan asalnya, yaitu laut dangkal yang mempunyai kedalaman maksimum 60 m.
Kira-kira 14-11 juta tahun lalu daerah ini masih merupakan paparan laut dangkal, yang kemudian terangkat hingga ketinggiannya sekarang akibat sifat bumi yang dinamis. Tidak adanya sedimen lain yang menutupi lapisan batu gamping di daerah Gombong selatan menunjukkan jika sejak 10 juta tahun lalu daerah ini sudah berada di atas permukaan laut. Dihitung dari kurun waktu kurang dari 10 juta tahun telah terjadi pengangkatan setinggi lebih dari 300 m. Pengangkatan itu menyebabkan batuan terkekarkan dan tersesarkan. Curah hujan yang tinggi mempercepat terjadinya proses karstifikasi, membentuk kars sebagaimana terlihat sekarang.
Pintu Masuk Gua Jatijajar Tampak dari dalamGejala endokars ini mempunyai mulut gua yang berbangun melengkung tinggi dan lebar. Pada dinding pintu masuk sebelah kanan tersingkap sisa endapan sedimen gua yang kaya fosil moluska. Beberapa spesies grastropoda dan pelecypoda terawetkan baik pada lapisan lempung pasiran berwarna coklat tua. Sedimen berfosil ini dapat dikorelasikan dengan sedimen sejenis yang tersingkap di pintu masuk Gua Intan. Sediman di dalam Gua juga tersingkap pada sebuah sisa kanopi tua, beberapa meter dari pintu masuk. Cangkang-cangkang pipih pelecypoda pada sedimen gua ini tersusun secara alami ke arah utara sejajar dengan arah lorong utama masuk gua, yaitu utara-selatan. Bagian atap dan dinding pintu masuk gua dipenuhi oleh tulisan nama-nama pengunjung. Gravity yang paling tua tertanggal tahun 1805.
Patung DinosaurusPembentukan kanopy di dekat pintu masuk Gua Jatijajar menunjukkan adanya sungai bawahtanah yang pernah aktif beberapa ratus ribu tahun yang lalu. Proses pengangkatan menyebabkan sungai menjadi kering, karena air mencari permukaan air tanah setempat yang letaknya lebih rendah. Sungai bawah tanah yang masih aktif di dalam Gua Jatijajar tersingkap melalui beberapa sendang, yang letaknya berkisar antara 1-3 m di bawah lorong fosil utama.
Sendang Kantil dan Sendang Mawar adalah kolam-kolam sungai bawah tanah yang dibuka untuk umum. Dua sendang lainnya yaitu Jombor dan Puserbumi tidak dapat dimasuki wisatawan umum, kecuali mendapat ijin dari pengelola kawasan wisata. Sebagai mata air, Sendang Puserbumi merupakan sebuah sumuran tegak bergaris tengah sekitar 50 cm. Sementara Sendang Jombor yang dihuni seekor pelus sepanjang lebih dari 1 m mempunyai sifon di dasarnya. Sifon ini dapat ditelusuri dengan metode penyelaman (cave diving). Beragam bentukan pengendapan ulang larutan CaCO3 jenuh yang indah dan mempesona dijumpai di dalam lorong gua dibalik sifon. Lorong gua sepanjang ratusan meter dihiasi dengan deretan gurdam dan air terjun. Lorong gua di bawah gua Jatijajar ini disiapkan menjadi objek wisata minat khusus. Untuk memasuki sendang di dalam Gua Jatijajar dikeramatkan dan dijadikan sebagai tempat berziarah.
Sendang MawarLubang-lubang di dasar gua di dekat pintu masuk merupakan bekas-bekas penambangan fosfat guano. Ornamen gua (stalaktit, stalakmit, pilar, flowstone) umumnya sudah tidak aktif, meskipun di beberapa tempat terdapat tetesan dan leleran air melalui ujung-ujung stalaktit. Sebuah lubang di atap gua setinggi 24 m dari dasar gua, tidak jauh dari pilar besar berbangun membundar yang masih aktif, mengungkap sejarah penemuan gua pada tahun 1802 oleh Djayamenawi, Petani tersebut terperosok ke dalam gua melalui lubang yang ada dipermukaan, dan setelah tanah yang menutupi lorong dibersihkan ia menemukan lubang masuk, yaitu mulut gua sekarang.
Lorong Gua Jatijajar sepanjang 250 m, dengan lebar dan tinggi rata-rata 15-25 m, dapat dimasuki oleh wisatawan dengan mudah. Mulai tahun 1975, disepanjang lorong gua ditempatkan 32 buah patung yang menceritakan Legenda Raden Kamandaka. Di luar Gua menggambarkan kepurbaan Gua Jatijajar.
Kamandaka yang aslinya bernama Raden Banyak Contro adalah putera mahkota Kerajaan Pajajaran. Pusat pemerintahan Pasirluhur atau Galuh Timur pada abad 14 kira-kira berada di sekitar Baturaden (purwokerto), di lereng Gunung Slamet. Prabu Siliwangi raja Pajajaran pada waktu itu memiliki 2 permaisuri. Dari permaisuri pertama, Prabu Siliwangi berputra 2 orang yaitu Banyak Contro dan Banyak Ngampar. Karena permaisuri pertama meninggal, Prabu Siliwangi mengangkat permaisuri kedua, Dewi Kumudaningsih. Sebelumnya Dewi Kumudaningsih memberi syarat mau menjadi permaisuri jika anak laki-lakinya kelak dapat menjadi raja, menggantikan Prabu Siliwangi. Dari permaisuri kedua ini terturunkan Banyak Blabur dan Dewi Pamungkas.
Prabu Siliwangi yang sudah lanjut usia berencana mengangkat putra sulungnya, Banyak Contro, untuk menggantikannya. Permintaan itu ditolak oleh Banyak Contro, dengan alasan ia belum siap dan belum mempunyai pendamping. Ia hanya mau menikah dengan wanita yang mirip dengan mendiang ibunya. Untuk itu ia mengembara menuju gunung Tangkuban Perahu, menemui Ki Ajar Wirangrong. Oleh orang tua tersebut ia disuruh mengembara ke timur, menuju Kadipaten Pasir Luhur. Supaya cita-citanya beristri wanita cantik seperti ibunya terkabul, ia harus menanggalkan pakaiannya sebagai putera raja menjadi orang biasa. Banyak Contro selanjutnya menyamar menjadi orang kebanyakan, dan berganti nama menjadi Kamandaka.
Patung Raden KamandakaSetelah sampai di Pasir Luhur ia bertemu dengan Reksono patih Kadipaten Pasir Luhur yang menjadikannya sebagai anak angkat. Adipati Kandandoho, penguasa Kadipaten Pasir Luhur, mempunyai beberapa putri yang semuannya sudah bersuami kecuali putri bungsunya Dewi Ciptoroso. Wajah dan penampilan putri Pasir Luhur ini mirip dengan Ibu Kamandaka. Kamandaka berhasil menarik hati Dewi Ciptoroso. Tetapi pada suaru saat ketika mereka sedang berdua di taman keputren seorang prajurit kadipaten memergokinya. Kamandaka dikeroyok para prajurit, yang mengiranya sebagai pencuri. Karena kesaktiannya ia dapat meloloskan diri. Tetapi sebelumnya ia sempat mengatakan identitasnya, yaitu Kamandaka putra Patih Reksonoto. Adipati Patih Pasir Luhur murka, memanggil Patih Reksonoto supaya menangkap Kamandaka dan menyerahkan kepadanya.
Kamandaka yang melarikan diri dengan cara menceburkan diri ke sungai dilaporkan oleh Patih Reksonoto telah mati, hanyut di bawa arus sungai deras. Setelah jauh dari Pasir Luhur, Kamandaka naik ke darat berjalan menuju sebuah desa. Di Desa Paniagih ia bertemu janda miskin Mbok Kertosoro. Kamandaka selanjutnya diangkat menjadi anaknya. Mbok Kertosoro mempunyai seekor ayam jantan bernama Mercu, yang dirawat dengan baik oleh Kamandaka. Ke mana-mana ia pergi dengan ayam-ayam lainnya. Mercu selalu menang, sehingga akhirnya Kamandaka dikenal sebagai penyabung ayam yang hebat. Berita tersebut sampai di Kadipaten Pasir Luhur. Adipati Kandandoho sangat murka mendengar Kamandaka masih hidup. Ia memerintahkan prajuritnya untuk menangkap Kamandaka. Pada saat yang bersamaan, tiba-tiba muncul silihwarni. Silihwarni yang menawarkan dirinya menjadi abdi di Pasir Luhur diterima oleh Adipati Kandandoho, asal dapat membunuh Kamandaka.
Silihwarni sebenarnya adalah Banyak Ngampar, adik kandung Kamandaka. Ia mendapat tugas dari ayahnya Prabu Siliwangi mencari kakaknya. Untuk menjaga keselamatannya di perjalanan, Banyak Ngampar dibekali senjata kerajaan, kujang Pamungkas. Karena tidak tahu kalau Kamandaka adalah kakaknya yang dicari-cari Silihwarni berangkat bersama dengan sepasukan prajurit Pasir Luhur.
Akhirnya Silihwarni sampai di Desa Paniagih, bertemu dengan Kamandaka dan menantangnya bersabung ayam. Saat ayam jantan masing-masing bersabung, Silihwarni menikam Kamandaka yang sedang lengah dengan pusaka Kujang Pamungkas. Kamandaka terluka parah, tetapi ia dapat meloloskan diri. Tempat di mana Kamandaka dapat meloloskan diri dari kepungan prajurit Pasir Luhur dan Silihwarni sekarang dinamakan Desa Brobosan (mbrobos = meloloskan diri). Saat Kamandaka beristirahat di suatu tempat, darahnya mengucur deras dari luka di lambungnya. Tempat iru kemudian diberi nama Desa Bancaran (Bancar = deras). Silihwarni bersama prajurit Pasir Luhur terus mengejarnya, dibantu anjing-anjing pelacak. Seekor anjing dapat di bunuh oleh Kamandaka di suatu tempat, yang selanjutnya desa itu dinamakan Karang Anjing. Kamandaka terus lari ke arah timur, dan sampai di ujung jalan yang buntuk (selanjutnya tempat itu dinamakan Desa Buntu).
Setelah berlari cukup jauh akhirnya Kamandaka sampai di sebuah gua. Ia bersembunyi di dalamnya. Silihwarni yang kehilangan jejak, Ia berteriak-teriak menantang Kamandaka supaya ke luar dari tempat persembunyiannya. Kamandaka menjawab, bahwa sebenarnya ia adalah putra mahkota Pajajaran Banyak Contro. Mendengar jawaban itu Silihwarni terkejut dan iapun berkata kalau sebenarnya = (sejatine) Ia juga putra Prabu Siliwangi, Banyak Ngampar. Keduanya baru sadar kalau mereka adalah bersaudara.
Selanjutnya Kamandaka bertapa di gua tersebut dan mendapat petunjuk bahwa niatnya mempersunting Dewi Ciptoroso akan tercapai jika ia berpakaian lutung (kera) Dalam petunjuk itu ia diharuskan tinggal di Hutan Baturagung, baratdaya Baturaden. Di hutan itu Kamandaka yang sudah berubah menjadi kera bertemu dengan Dewi Ciptoroso, yang ketika itu mengikuti ayahnya Adipati Kandandoho berburu. Kera yang jinak jelmaan Kamandaka segera menarik perhatian Dewi Ciptoroso, yang menurut saja saat ditangkap dan dibawa ke Pasir Luhur. Sesampainya di Pasir Luhur kera tersebut tidak mau makan apa-apa, sehingga meninmbulkan kekhawatiran Adipati Kandandoho. Ia membuat sayembara, siapa yang dapat memberi makan kera tersebut maka ia berhak memeliharanya. Banyak orang mencobanya tetapi selalu gagal, kecuali Dewi Ciptoroso. Sesuai dengan sayembara maka kera itupun dipelihara oleh putri bungsu Pasir Luhur dan diberi nama Lutung Kasarung. Pada malam hari kera tersebut berubah ujud aslinya, yaitu Kamandaka. Sedang siang hari menjelma lagi menjadi kera. hal itu hanya diketahui oleh Dewi Ciptoroso.
Dikisahkan selanjutnya, Prabu Pule Bahas dari Nusa Kambangan ingin memperistri Dewi Ciptoroso, dan mengutus kerajaan untuk meminangnya. Jika keinginan tidak dikabulkan ia akan menghancurkan Kadipaten Pasir Luhur. Atas saran Lutung Kasarung, Dewi Ciptoroso menemui ayahnya dan mengatakan kalau ia bersedia menjadi istri Prabu Pule Bahas asal persyaratan yang akan diajukannya dipenuhi. Salah satu syarat itu adalah Dewi Ciptoroso diperbolehkan membawa Lutung Kasarung pada saat pengantin dipertemukan. Prabu Pule Bahas langsung menyetujui.
Ketika upacara pengantin berlansung Lutung Kasarung selalu mengganggu, sehingga menimbulkan kejengkelan Prabu Pule Bahas. Prabu Pule Bahas memukulnya dan keduanya berkelahi. Raja Nusakambangan akhirnya tewas, digigit Lutung Kasarung. Kematian raja tersebut mengubah ujud asli Lutung Kasarung, yaitu Kamandaka. Setelah menceritakan asal-usulnya, Kamandaka akhirnya dikawinkan dengan Dewi Ciptoroso. Berita itu akhirnya sampai di Kerajaan Pajajaran. Niat Prabu Siliwangi untuk menjadikan Kamandaka sebagai raja tidak kesampaian. Karena pantang bagi seseorang yang sudah terkena pusaka kerajaan Kujang Pamungkas menjadi raja Pajajaran. Akhirnya Kamandaka atau Banyak Cokro menjadi adipati di Pasir Luhur, menggantikan ayah Dewi Ciptoroso. Sedang Banyak Blabur menggantikan Prabu siliwangi menjadi raja di Pajajaran.
Kepercayaan Masyarakat 
Sendang KantilMata air atau sendang yang terdapat di dalam Gua Jatijajar dipercaya mempunyai khasiat tertentu, sehingga dikeramatkan. Air Sendang Puserbumi dan Jombor konon dapat digunakan sebagai sarana untuk mencapai tujuan-tertentu. Sedang air Sendang Mawar dan Kantil jika untuk mencuci muka selain menjadi awet muda juga akan tercapai apa yang dicita-citakannya.
Kepercayaan yang dituturkan secara turun-temurun ini mengakar kuat di hati sanubari masyarakat Kebumen dan sekitarnya, sehigga pada hari-hari tertentu menurut penanggalan Jawa tempat tersebut ramai dikunjungi peziarah, terutama pada malam hari.
Gua Dempok 
Segmen lorong gua sepanjang 50 m mulai dari pintu masuk merupakan bentukan alami hasil kegiatan sungai bawah tanah di masa lalu. Setempat, atap dan dinding gua dihiasi oleh stalaktit dan flowstone. Lubang di atap gua yang tembus ke permukaan (avent) berfungsi sebagai ventilasi alam, sehingga udara di dalam gua tetap segar. Lorong ini selanjutnya berhubungan dengan gua buatan, bekas penambangan kapur.
panjang Gua Dempok tidak lebih dari 100 m, dan menjadi unik karena merupakan gabungan antara gua alam dan gua buatan. Nama Dempok diambil dari nama pemilik lahan penambangan kapur. sisa-sisa kejayaan industri kapur tohor di masa lalu diabadikan dalam bentuk tobong pembakaran batu gamping, tidak jauh dari pintu masuk Gua Dempok.
panjang Gua Dempok tidak lebih dari 100 m, dan menjadi unik karena merupakan gabungan antara gua alam dan gua buatan. Nama Dempok diambil dari nama pemilik lahan penambangan kapur. sisa-sisa kejayaan industri kapur tohor di masa lalu diabadikan dalam bentuk tobong pembakaran batu gamping, tidak jauh dari pintu masuk Gua Dempok.
Gua IntanGejala endokars ini merupakan gua alam fosil yang penuh dengan ornamen yang masih aktif. Lorong-lorong di dalam Gua Intan yang berarah utara-selatan dan barat-timur genesanya berkaitan dengan pelarutan di sepanjang struktur retakan yang ada.
Sebuah stalaktit di dinding pintu masuk sebelah kanan dilingkupi oleh sedimen pasir lempungan berwarna merah kecoklatan. Sedimen tersebut mengandung fosil moluska, sehingga kehadirannya akan menguak sejarah pembentukan gua. Moluska adalah binatang darat yang hidup di sekitar gua. Ketika air hujan masuk ke dalam gua, binatang itu terangkut ke dalam gua bersama-sama dengan sedimen pasir dan lempung. Saat terjadi banjir seluruh lorong gua terendam air, dan sebuah stalaktit yang terletak 3 m dari dasar gua ditutupi oleh sedimen tersebut. Kumpulan fosil ini berumur Plistosen-Resen, sehingga Gua Intan setidaknya sudah ada sejak 1 juta tahun yang lalu.
Sebuah kubah besar berukuran 30 X 40 m dan tinggi maksimum 20 m dapat dicapai dengan melewati lubang sempit selebar 1 m. atap kubah dihiasi oleh stalaktit-stalaktit berukuran maksimum 1 m. Sebuah avent di atap kubah berfungsi sebagai ventilasi alam. Sekelompok stalaktit yang menyatu dengan stalakmit membantu pilar atau kolom setinggi beberapa meter yang indah. Ornamen gua di bagian ini umumnya masih aktif.
Di sebelah kanan ruangan pertama terdapat ruangan kedua yang disusun oleh batu gamping berlapis, dengan sebuah jembatan alam yang menghubungkan dinding kanan dan kiri ruangan. Jembatan ini merupakan sisa lapisan batu gamping yang sukar larut. Sedang lapisan batu gamping lunak di dasar jembatan sebagian besar telah habis, dikikis oleh aliran sungai bawah tanah yang pernah aktif di masa lalu. Ruangan kedua yang berukuran 20 X 40 m dan tinggi 15 m ini berakhir pada sebuah lubang sempit yang ditutupi oleh sedimen gua. lekuk-lekuk kecil di atap gua dipenuhi oleh kelelawar. Tidak adanya ventilasi di ruangan kedua ini menyebabkan udara di dalam gua sedikit panas dan pengap. Fermentasi kotoran kelelawar memungkinkan terbentuknya CO2 dan bau yang menyengat.
Seperti dengan industri minuman, makanan dan tembakau, industri tekstil, pakaian jadi dan kulit ini juga termasuk industri dalam skala kecil dan rumah tangga. Industri kecil memiliki jumlah 94, dan industri rumah tangga 3.270 industri. Kebanyakan para pengusaha tekstil, pakaian jadi dan kulit ini mendatangkan bahan baku dari Bandung dan Cirebon sedangkan bahan baku kulit dari Pekalongan. Pemasaran hasil industri tekstil, pakaian jadi dan kulit ini sendiri adalah di sekitar Kabupaten Kebumen seperti Kabupaten Purworejo, Banjarnegara, Kabupaten Magelang, dan Cilacap. Perkembangan industri ini sendiri cukup baik, namun secara lebih lanjut perlu adanya pemikiran yang lebih sesuai dengan pembentukan klaster industri rumah tangga agar keberadaan industri tersebut tidak goyah oleh perkembangan industri besar. 
Hampir di setiap kota terdapat museum, baik itu museum perjuangan maupun museum yang berisi benda peninggalan bersejarah, seni, dan barang kuno. Namun museum yang berisi bebatuan penyusun bumi, di Jawa Tengah hanya ditemui di Kampus Karangsambung. Kampus Karangsambung yang dibangun tahun 1964 adalah Unit Pelaksana Teknis (UPT) Balai Informasi dan Konservasi Kebumian Karangsambung, di bawah Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI). UPT ini menyelenggarakan kegiatan pendidikan dan latihan, penyebarluasan informasi kebumian, konservasi, dan pengembangan wilayah bernilai ilmiah. Dalam rangka penyebarluasan informasi Kebumian, tahun 1995 di Kampus ini dibangun gedung untuk menyimpan alat peraga batuan yang kemudian dikenal sebagai Museum Kebumian. Lebih dari 50 macam batuan dari tiga jenis batuan dasar pembentuk bumi (batuan beku, sedimen, dan metamorf) disimpan di museum ini. 
